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메이지 시기 도입된 시제정촌제(1888)에서 시정촌에는 주민 직선의 의회 제도가 도입됐다. 물론 지금과 같이 1인 1표를 행사하는 평등선거는 아니었다. 시에서는 3등급 선거 제도, 정촌에서는 2등급 선거제도가 시행됐다. 직접 시세 납세총액을 3등분해서 각각 의원을 1/3씩 선출했다. 즉, 납세액에 따라 행사할 수 있는 표의 가치가 달랐던 것이다.


정촌장은 정촌의회에서 선거를 통해 선출했다. 이렇게 선출된 정촌장은 의장을 겸했다. 그런데, 시장의 선출은 이와는 조금 달랐다. 시의회에서 후보자 3명을 추천하면 내무대신이 그 중 1명을 임명하는 방식이었다. 그런데, 1888년 원로원에서는 3대 도시(도쿄시, 오사카시, 교토시)에 대해서는 시제 적용을 반대한다는 의견을 내놓았다. 도쿄의 15개 구에서는 호적, 징세, 징병 등 사무를 연간 300만 건 이상 처리하고 있는데 이를 한 시청에서 처리하는 것은 어려우니, 도쿄를 여러 개의 시로 나누어 각각 시장, 시참사회, 시의회 등을 두고 부지사(府지사)가 총괄한다는 구상이었다. 결국 3대 도시에 대해서는 특례 제도가 도입되었다. 3대 도시에는 시장을 두지 않고, 부(府)지사가 시장의 직을 대신했다. 이 제도는 3대 도시 측의 폐지 운동 끝에 1898년 폐지됐다. 물론 나머지 도시의 시장도 지금의 시장과는 위상이 다르다. 1911년 제도 개편이 이루어질 때까지 시의 집행기관은 시장이 아니라 시참사회였기 때문이다.


1919년 제정된 도로법에서는 국도와 부현도로를 부현지사가 관리토록 했다. 그런데 칙령으로 지정된 시에 대해서는 그 시의 행정구역 내의 국도와 부현도로를 시장이 직접 관리하도록 했다. 여기에 해당되는 것이 앞서 본 3대 도시에 요코하마시, 나고야시, 고베시를 합친 6대 도시이다. 또, 이들 6대 도시는 다양한 사업을 펼치는데 일일이 지사의 감독을 받는 것은 효율적이지 못하다는 이유로 내무성에 특별시제의 도입을 건의했다. 결국, 1922년에 6대 도시 행정 감독에 관한 법률이 제정됐다. 시의 고유 사무와 칙령으로 인정된 국가 위임 사무에 대해서는 6대 도시 측이 부현지사의 감독을 받지 않고, 바로 중앙 내무성의 감독을 받게 된 것이다. 이보다 1년 앞선 1921년에는 시정촌의 의회 선거방법이 변경됐다. 구체적으로 정촌에서는 등급 선거 제도가 폐지됐고, 시는 3등급 선거에서 2등급 선거로 완화된 것이다.


1926년에는 시제가 개정되었다. 정촌과 마찬가지로 시장을 시의회에서 직접 선출하는 방식으로 바뀌었으며, 등급 선거제도가 폐지됐다. 1943년에는 도쿄도제가 시행됐다. 도쿄부와 도쿄시가 도쿄도로 통합된 것이다. 도쿄시의 흔적은 현재 도쿄의 23 특별구에서 찾아볼 수 있다.


1947년 지방자치법이 제정되면서 특별시 제도가 도입됐다. 그 이전까지 일본에서는 지방자치법은 두지 않고, 시제·정촌제·부현제·군제·도쿄도제 등 여러 법령들이 병립하고 있었다. 지방자치법에서는 인구 50만 이상의 대도시 가운데 주민 과반이 찬성한 경우에는 그 도시를 법률로서 특별시로 지정할 수 있다고 규정하고 있었다. 또, 특별시는 도도부현의 구여겡서 제외하며 도도부현에 관한 규정을 적용한다고 되어 있었다. 즉, 특별시가 되는 것은 도도부현에서 분리되어 도도부현과 동격의 광역자치단체가 된다는 것을 의미했다. 이와 관련해 5대 도시(도쿄시는 이미 폐지되었기 때문) 측과 부현의 갈등이 빚어졌다. 특별시 승격 주민투표의 선거권자에 대한 해석이 엇갈렸다. 대도시 측은 대도시 시민만이 대상이라고 보았고, 부현에서는 부현 주민 전체가 선거권자라고 보았다. 결국, 1956년 지방자치법을 개정해 특별시 제도를 폐지했다. 다만, 대도시 행정의 특수성은 인정되어 대신 정령지정도시 제도를 도입했다. 원래 정령지정도시는 이들 5대 도시에 대한 특례로 적용된 성격이 강했지만 1963년 키타큐슈시의 지정을 시작으로 현재 20개 도시가 지정되어 있다.


현재, 일본의 지방자치단체에는 각종 행정위원회가 집행기관으로 설치되어 있다. 이들은 법에 따라 반드시 설치되며, 시장과는 병립한다. 다만, 실질적으로는 시장이 이들 행정위원회보다 우위에 있다. 예컨대, 행정위원회는 의회에 예산안을 제출할 수 없으며 반드시 시장을 통해야만 한다. 그런데 행정위원회는 도도부현에 설치되는 것과 시정촌에 두어야 하는 것이 다르다. 정령지정도시는 시정촌에 속하지만, 도도부현에 가까운 예우를 받는다. 예를 들어, 도도부현에는 인사위원회를 두고, 시정촌에는 기본적으로 공평위원회를 두어야 하지만, 정령지정도시는 인사위원회를 두도록 되어 있는 것이 그것이다. 또, 정령지정도시의 교육위원 역시 도도부현과 같은 6명을 두도록 되어 있다. 특히, 시정촌 교육위원회는 교원에 대한 인사권을 갖지 못한다. 교원에 대한 인사권은 도도부현 교육위원회에서 가진다. 그런데, 정령지정도시 교육위원회는 시정촌 교육위원회이지만 인사권을 행사할 수 있다. 특이한 점은, 인사권은 정령지정도시 교육위원회에서 행사하지만, 교원에 대한 급여는 도도부현에서 지급한다는 점이다.

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